Es handelt sich um eine Therapie, hauptsächlich zur gezielten positiven Beeinflussung des Immunsystems.

Grundlage ist das Wissen, das ein großer Teil des Immunsystems im Darm lokalisiert ist. Das sieht auch die evidenzbasierte Medizin so, ohne hierbei die therapeutischen Konsequenzen der Naturheilkunde zu treffen. Kommt es durch bestimmte Erkrankungen, Ernährungsfehler oder Medikamenteneinnahme (z.B. nach Antibiotika) zu einer Veränderung der Darmflora, kann dies Störungen vielfältiger Stoffwechselvorgänge und des Immunsystems zur Folge haben.

Die Behandlung erfolgt über mikrobiologische Präparate, pflanzliche Medikamente, Vitamine und Mineralstoffe.

Die Stuhluntersuchung erfolgt in einem speziell für naturheilkundliche Diagnostik ausgerichtetem Labor. Entsprechend der Befunde wird dann ein individueller Therapieplan erstellt.

Auch die Schulmedizin kennt die Darmsanierung, wendet sie aber im Vergleich zur Naturheilkunde nur sehr selten an. Oft, wenn praktisch das Kind bereits mit dem Bade verschüttet wurde, beispielsweise nach einer hochdosierten Antibiotikatherapie, die die natürliche Darmflora zerstört hat. Manches von dem, was die Naturheilkunde der Darmsanierung zurechnet, ist noch nicht ausreichend naturwissenschaftlich erforscht, da bewegen wir uns auf dem Boden der Beobachtungen und logischen Hypothesen, aber unser gefestigtes Wissen nimmt zu.